Seria Naruto, znana bardzo szerokiej grupie odbiorców, kojarzy się przede wszystkim z niezwykle popularnym anime, które opisuje przygody uwielbionego przez wielu Naruto Uzumaki – walecznego praktyka trudnej sztuki walki ninjutsu. Na postawie dzieła stworzonego przez Masashiego Kishimot, producent TOMY podjął się zadania stworzenia gry komputerowej.
Naruto: Ninja Council 3 to bijatyka, w której przemieszczasz się przez ponad piętnaście lokacji, wykonując mniej lub bardziej skomplikowane misje (jest ich ponad czterdzieści w całej grze). Do wyboru mamy również wiele bohaterów, którymi możemy rozpocząć rozgrywkę: Naruto Uzumakim przede wszystkim, Sasuke Uchiha, Sakura Haruno, Kakashi Hatake, Neji Hyuga, Rock Lee, Tenten, czy Might Guy. Każdy z nich posiada indywidualny i niepowtarzalny zestaw broni, umiejętności, które wraz z przechodzeniem kolejnych leveli możemy ulepszać lub dodawać sobie całkiem nowych, tworząc unikatowy zbiór ataków, mocy i atutów. Na platformie NDS możemy grać również w grupie, łącząc się za pomocą Wifi, co podnosi atrakcyjność rozgrywki i emocji jej towarzyszących.